Newick parenthesed tree to Dot input format
Description
Converts the output file 'treefile' of the program 'phylip' (a parenthesed tree in the Newick format), in a '.dot' file readable by the programs 'DOT' and 'NEATO' of Graphviz.
(See also the graph to Newick conversion page)
(See also the graph to Newick conversion page)
Examples
- [Example] to write the parenthesed tree in the text area.
- [Search] to obtain the graph with the dot, recopy it in a file 'phylogeny.dot'.
- if neato is installed, type
neato -Tps -o phylogeny.ps phylogeny.dot
orneato -Tpng -o phylogeny.png phylogeny.dot
- See the file 'phylogeny.ps' using Ghostview or the image 'phylogeny.png' in your browser...
(a,b,c,(d,e,(f,g),h));
(a1,b:1.5,(c:1,d:2,e:3,(((f:1,g:2)))));
- Shrimps.
- The empty names are not implemented.
Parenthesed tree
Graph
Installation
Download latest.tar.gz or latest.zip.
Links
Phylogenetic trees
Phylogeny Programs Phylip page, The Newick tree format
Centre de Ressources INFOBIOGEN
Graphviz et les logiciels dot, neato
The CompLearn Toolkit Rudi Cilibrasi
Ghostscript et Ghostview pour MS-Windows pour voir et imprimer les fichiers postscript.
Gv pour voir et imprimer les fichiers postscript sous Unix.
NEWICKTREE newicktree is a LaTeX package that allows the easy drawing of Newick (New Hampshire) format phylogenetic trees, by providing a high level interface to the PSTricks package. On this page you will find links to the newicktree program file, its documentation, installation instructions and contact information. Developer: GEORGE SAVVA.
Phylogeny Programs Phylip page, The Newick tree format
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Graphviz et les logiciels dot, neato
The CompLearn Toolkit Rudi Cilibrasi
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NEWICKTREE newicktree is a LaTeX package that allows the easy drawing of Newick (New Hampshire) format phylogenetic trees, by providing a high level interface to the PSTricks package. On this page you will find links to the newicktree program file, its documentation, installation instructions and contact information. Developer: GEORGE SAVVA.
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© (Copyright) Jean-Paul Davalan 2002-2014Important : Si votre question a un quelconque rapport avec un travail personnel (Devoir TIPE Master...) , vous devez absolument me le préciser dès votre premier message et m'indiquer très précisément les limites des informations demandées. Vous devez aussi avertir la personne qui dirige éventuellement votre travail ou le corrige de cette communication et lui montrer les documents fournis.
J'essaie de répondre aux questions posées, mais ne lis pas les documents mathématiques amateurs, pas plus que je ne donne mon avis sur les démonstrations des conjectures de Collatz ou autres. Je ne lis pas les documents word, je ne corrige pas les programmes informatiques et depuis des années je n'utilise plus de tableur.